Voltou para Salzburgo em 1540, convidado pelo bispo da cidade. Faleceu em 24 de setembro de 1541 com apenas 47 anos, em um hospital, sonhando ter fabricado o Elixir da Vida. A causa de sua morte não foi esclarecida. Uma hipótese é que teria sido assassinato em 1541, como foi evidenciado na exumação de seus ossos, que mostrou uma fratura no crânio. O corpo foi velado na igreja de São Sebastião e, de acordo com o seu último desejo, foram entoados os salmos bíblicos 1, 7 e 30.
A fama de Paracelso aumentou com as suas curas milagrosas e, após sua morte, a sua fama cresceu ainda mais. Um século depois, centenas de textos paracelsianos foram publicados, referindo-se quase todos a medicamentos químicos. No final do século XVI, existia já uma imensa literatura sobre a nova matéria médica. Devido ao facto de a abordagem médica de Paracelso diferir tanto daquilo que era aceitável até então, estabeleceu-se uma enorme confrontação entre os paracelsianos e o sistema médico oficial em vigor até então, confrontação aguçada pelo impacto provocado pelos humanistas, que desdenhavam das obras de Dioscorides e de Plínio, ambos muito populares no final da Idade Média, e enalteciam trabalhos menos conhecidos, especialmente os tratados de fisiologia e anatomia de Galeno. Muitos médicos seguidores de Paracelso eram alemães; na França, a confrontação foi mais agravada pelo facto de muitos médicos paracelsianos serem huguenotes (protestantes, partidários de Calvino); na Inglaterra, tal confrontação foi menos tempestuosa, tendo sido adotados os medicamentos químicos, que eram utilizados simultaneamente com medicamentos tradicionais galénicos.
A fama de Paracelso aumentou com as suas curas milagrosas e, após sua morte, a sua fama cresceu ainda mais. Um século depois, centenas de textos paracelsianos foram publicados, referindo-se quase todos a medicamentos químicos. No final do século XVI, existia já uma imensa literatura sobre a nova matéria médica. Devido ao facto de a abordagem médica de Paracelso diferir tanto daquilo que era aceitável até então, estabeleceu-se uma enorme confrontação entre os paracelsianos e o sistema médico oficial em vigor até então, confrontação aguçada pelo impacto provocado pelos humanistas, que desdenhavam das obras de Dioscorides e de Plínio, ambos muito populares no final da Idade Média, e enalteciam trabalhos menos conhecidos, especialmente os tratados de fisiologia e anatomia de Galeno. Muitos médicos seguidores de Paracelso eram alemães; na França, a confrontação foi mais agravada pelo facto de muitos médicos paracelsianos serem huguenotes (protestantes, partidários de Calvino); na Inglaterra, tal confrontação foi menos tempestuosa, tendo sido adotados os medicamentos químicos, que eram utilizados simultaneamente com medicamentos tradicionais galénicos.
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